O crisântemo no Japão representa o outono e é frequentemente usado como oferenda floral ou como flor budista. Sua flor ornamentada também é o emblema da Família Imperial e aparece nos passaportes japoneses.

Os crisântemos são cultivados para fins medicinais e culinários desde os tempos antigos na China e foram trazidos para o Japão por volta do período Heian (794-1185). Chōyō-no-sekku (Festival do Crisântemo), um dos cinco sekku ou festivais sazonais originários da China, é observado em 9 de setembro e celebra as propriedades medicinais dos crisântemos em trazer boa saúde e longevidade.

No início do período Edo (1603-1868), o entusiasmo pelo cultivo da flor cresceu e uma variedade de novas variedades foi desenvolvida. Também levou ao costume de exibir crisântemos de maneiras elaboradas, inclusive ordenadamente dispostas em canteiros de flores ou em forma de bonecas. Perto do final do período Edo e no início do período Meiji (1868-1912), esses novos tipos de crisântemos chegaram à China e depois à Europa, provocando um grande boom hortícola.

Pensa-se que o crisântemo foi adotado pela primeira vez como o brasão da Família Imperial no início do período Kamakura (1185–1333) por influência do imperador Go-Toba (r. 1183–98), que gostava do desenho floral e o usava com frequência. Durante o período Meiji, um brasão usando um desenho de flor de crisântemo com 16 pétalas duplas foi estabelecido como o brasão oficial da Família Imperial e definido em detalhes como um diagrama nos Regulamentos da Cerimônia da Casa Imperial de 1926.

O crisântemo também é uma flor comestível bem conhecida no Japão. A maneira mais comum de comê-lo é mergulhando a flor em água quente. As flores têm um aroma floral sutil característico, um sabor agridoce e uma textura crocante. A província de Yamagata é famosa pela variedade enmeiraku , também conhecida como mottenohoka . A forma é semelhante à crista da Família Imperial, e o nome, que significa algo como “Que pena”, é o que se espera que o comedor exclame ao devorar a flor.